真耶稣教会原设一个总会，后来来因为张巴拿巴因为私心联系南方各真教会召开大会，与北方教会断绝联系于1921年设立总本部于上海。后因调查本会起源，发现南北真耶稣教会同根同源，为顾全大局与北方总会联系决定南北合一。1927年，南北总部在南京举行会议，决定合并南北本部设立总本部，1928年总本部设立于上海。总本部下设支会、分会、区会、祈祷所五级，教会内部有监督、长老、执事、传道等，不设牧师或主教，不可称上帝或天主，而要称神或真神。抗战期间，真耶稣教会总本部迁重庆改称总会。抗战胜利后迁回上海，1947年又迁往南京，解放后迁往武汉。