在2002年4月5日出版的《Science》上发表了由中国12家科研单位共同完成的水稻籼稻 (Oryza Sativa ssp.indica)亚型的基因组序列。该水稻基因组全长是466×10^6个碱基对，含有46022到55615个基因，功能基因占基因组的92.0%。在同期的《Science》上，还发表了由美国6家科研机构共同完成的水稻粳稻 (Oryza sativa L. ssp. japonica)亚型的基因组序列。该亚型的基因组全长420×10^6个碱基对 ,含有 32000到50000个基因。