甜菜曲顶病毒粒子为双联体结构，每个粒子大小为18nm×30nm，无包膜，由两个不完整的20面体组成。病毒基因组为单分体基因组，单链闭环DNA分子，大小2.9-3.0kb，，在DNA链及其互补链上共编码7个基因，3个在病毒链上，4个在互补链上。病毒复制起始于茎环结构。病毒链的ORF V2和V3产物分别涉及调节基因组ss/dsDNA的水平及病毒运动，ORF V1编码的外壳蛋白设计病毒包装及运动，互补链的ORF C1编码Rep蛋白，ORF C3编码一个类似复制增强子蛋白，C4编码的是重要的症状决定因子。